本发明涉及电子设计技术领域，具体涉及一种基于多FPGA芯片的数据传输系统，该系统包括N个互联的FPGA芯片，每个FPGA包括若干个预留I/O端口、至少一个时分复用的发送端和接收端，将FPGA芯片Fi中时分复用的发送端通过I/O端口与Fj中时分复用的接收端连接，且将Fj中时分复用的接收端通过Fj的I/O端口连接Fk中时分复用的接收端；在Fi通过Fj将信号转发给Fk时，高速串行信号通过I/O端口进入Fj中之后且在输入接收端之前，被分为两路，一路输入Fj中时分复用的接收端，另一路直接转发至Fk中时分复用的接收端，本发明所公开的方案不但减少了cable的使用，而且由于透传高速串行信号，引入的延时也非常小，能够提高系统的整体性能。