本发明提出了一种植被高度预测方法及系统，根据预设图像范围值划分待研究区域，得到图像块，并对所述图像块进行样本划分和样本筛选预处理，得到正样本对和负样本对，对植被高度估计模型进行数据特征学习预训练和对所述植被高度估计预训练模型进行微调，得到植被高度预测模型，通过高度滤波处理，计算得到裸露地表的数字高程模型的高程信息，通过预设指标对比计算，输出植被高度预测结果。本发明解决了现有技术DEM受植被覆盖率影响和深度学习模型过度依赖带标签数据而导致预测准确度不高的问题，能够提高植被高度预测准确度。