本发明公开了一种电路板加工控制方法，包括：控制目标电路板固定于工作台上；控制机械手拾取第一刀库内的第一刀具，第一主轴夹持所述第一刀具；控制视觉部第一次对位，并第一次校正所述目标电路板涨缩参数；所述第一主轴使用所述第一刀具加工目标电路板；控制所述机械手拾取第二刀库内的第二刀具；第二主轴夹持所述第二刀具；控制所述视觉部第二次对位，并第二次校正所述目标电路板涨缩参数；所述第二主轴使用所述第二刀具加工所述目标电路板。本发明还公开了一种电路板加工设备。这种电路板加工控制方法及电路板加工设备，可提高加工效率和加工精度，节省成本。