本发明公开了一种用于识别土著耐污染石油降解菌群落的方法，包括：采集目标区域的多个采样点位不同深度的土壤数据；所述土壤数据包括：土壤理化性质数据和土壤内微生物的测序数据；所述土壤理化性质数据用于确定土壤中高风险污染物与石油污染物浓度数据；将所述土壤内微生物的测序数据与污染物浓度数据进行耦合分析，识别出所述目标区域中的土著耐污染石油降解菌群落。该方法对不同污染物压力下进行石油场地修复的微生物群落功能群进行了识别，有助于解决单一工程降解菌效率低下、普适性差的问题；可为进一步的污染修复提供丰富的生物数据。