本发明公开了一种双通道电驱复用型车载快充系统电池电压不平衡控制方法，首先，采集三相电网电压值和六相不对称电机绕组实际电流值；其次，采集流经两套电池的电流和电池两端电压，通过恒流控制得到六相不对称电机绕组电流参考值；然后，将六相电机绕组电流参考值和实际值通过VSD变换得到基波平面、谐波平面以及零序平面的电流参考值和实际值，通过PR控制器得到三个平面的六相电压参考值，再通过VSD反变换得到自然坐标系下六相电压参考值；最后，通过SPWM调制得到开关管的驱动信号，实现电池电压不平衡充电。本发明可在两套电池电量不等时进行充电操作，保证充电过程中零电磁转矩产生，从而实现电动汽车安全稳定充电。