本发明公开了一种从复杂含铼溶液中制备高纯铼酸铵的方法，具体步骤为：在复杂溶液铼可被萃取剂选择性萃取，通过氨水从有机相中反萃铼；浓缩反萃液可除去反萃液中夹带的大部分有机相，提高铼的结晶率；再进行离心脱水生成粗结晶；加入热水对粗结晶进行溶解之后加入置换剂对铅、铜等元素进行置换除杂，加入双氧水、氨水去除硅等杂质以及晶体所吸附的有机相获除杂后液；除杂后液进行二次结晶后，加入双氧水、氨水对二次粗结晶进行溶解二次深度除杂；二次除杂后液再次进行结晶、离心脱水、烘干即可得到4N铼酸铵。本发明采用置换、控电位及pH除杂、多段结晶的方式制备出高纯度的铼酸铵，整个过程简单可控、铼回收率高，可实现稀有金属的有效回收。