本申请涉及桥梁安全防护技术领域，公开了一种智能桥墩防撞预警方法、系统及存储介质。该方法包括：监测进入检测区域的船只；对船只进行轮廓框型转化，获取以矩形框表示的船只位置信息；对船只对应的矩形框进行点集标记，在船只对应的矩形框上标记若干个参考点；将至少一个靠近桥墩分布的参考点作为目标点；记录目标点在第一时间节点T1和第二时间节点T2时的位置坐标值；基于位置坐标值分析船只航行线，当航行线为朝向桥墩行驶时，预警模块作出预警动作，否则，预警模块保持静默。该系统和该存储介质均与该方法相对应。本申请，能够快速且可靠的对船只是否会与桥墩发生碰撞进行预期，从而准确地作出相应的防护措施，避免桥墩与船只发生碰撞。