本发明公开了一种具有抑菌活性的皱褶假丝酵母及其发酵代谢物和应用，本发明筛得到一株对多种畜禽肠道有害菌具有抑制作用的褶皱假丝酵母，并经过褶皱假丝酵母菌株对大肠杆菌、鼠伤寒沙门氏菌、金黄色葡萄球菌抑制实验，证明本发明获得的褶皱假丝酵母产生的代谢产物具有广谱抑菌性。本发明筛选出的褶皱假丝酵母相对其他假丝酵母，其抑菌圈更大，即其抑菌效果更好。褶皱假丝酵母相对其他假丝酵母添加于畜禽饲料中，能更好的抑制畜禽肠道中有害微生物的生长，提高畜禽的肠道健康和改善生长性能，减少饲料中抗生素的使用，具有良好的市场应用前景。