本发明涉及一种牛高原适应育种10K液相芯片及应用，属于基因组育种领域，包括（1）牛全基因组范围的10K SNP芯片的开发：通过连续海拔牛的群体基因组学鉴定牛海拔关联位点，标记筛选出牛高原适应的10K SNP位点，液相芯片的设计和探针的设计，进而获得10K的液相芯片；（2）提供了一款具有低成本高通量基因分型液相芯片（10K），芯片的准确性和分型效果高，可解决高原牛群选育所面临的高原适应性问题，可为选育高原耐受个体提供快速精准的分子手段，并为开展牛抗逆性状选育等相关遗传育种工作提供可靠的技术平台，促进我国高原牛业发展，同时也为其他高原动物的选育提供理论参考和方法指导。