本发明公开了一种盾构穿越桥梁桩基的分类施工方法，属于城市地铁隧道施工技术领域，包括：进行常规区间和穿越桥梁桩基区间盾构掘进，采集隧道穿越施工时与既有桥梁桩基最小竖向净距、最小水平间距；采集穿越桥梁桩基前、后桥梁基础受力，采集常规区间和穿越桥梁桩基区间注浆量、地层土体强度、盾构推进时间；采集穿越桥梁桩基前、后桥梁桩基下沉量，采集穿越桥梁桩基前、后桥梁桩基倾斜量；计算穿越桥梁桩基稳定性评价指标无量纲参数，建立穿越桥梁桩基稳定性综合指标值；将穿越桥梁桩基区间划分多个等级，进行相应处理。本发明综合考虑了盾构穿越桥梁桩基施工稳定性的主要影响因素，可以更加科学准确合理的评价稳定性。