本发明公开了一种全补偿型有源电力滤波器控制方法及系统，采样有源电力滤波器所需补偿的负载电流iL并进行Clark变换，得到两相静止坐标系下有源电力滤波器所需输出的电流指令；获取有源电力滤波器自身控制的关键参数；使用关键参数设计针对电网电压基波分量以及产生谐振现象的多个频率点的多个相位调整值；使用相位调整值对传统有源电力滤波器的比例谐振控制器进行相位优化；使用电流指令减去输出电流得到比例谐振控制器的输入量；使用相位优化量与输入量，基于改进后的比例谐振控制器控制实现谐波补偿控制。本发明稳定性好，实现成本低，实现结构简单高效，有广泛的适用性，能够适应各种复杂的电网环境，具有较为实际的工程应用价值。