本发明公开了一种自动化新型冠状病毒基因组快速分型报告系统，涉及基因检测技术领域，所述系统包括：参考数据获取模块用于从开源基因数据库中获取参考基因组数据；模式选择模块用于选择单一病毒分析模式或选择混合病毒分析模式；比对序列模块用于获取对应分析模式所需的病毒测序数据并与对应的参考基因组数据进行比对，得到序列比对文件；数据分析模块用于测序深度计算、覆盖度计算、突变检测、基因组组装、溯源分析、丰度统计中至少任一项，得到分析数据；报告生成模块用于将数据分析模块所得的分析数据输出为报告文件。本发明针对缺少能够自动、快速生成新型冠状病毒基因组分型报告的系统的问题，提高了生成新型冠状病毒基因组分型报告的效率。