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公开(公告)号：CN118588176A
公开(公告)日：2024-09-03
申请号：CN202410631230.1
申请日：2024-05-21
申请人： 上海健康医学院
摘要： 本发明涉及生物技术领域，公开了一种基于未折叠蛋白反应基因与脓毒症的关联性模型，该模型基于未折叠蛋白反应基因特征进行构建，未折叠蛋白反应基因为EXOSC4、EIF2AK3、CEBPB、WIPI1、EXOSC6、EXTL2和SRPRB；构建过程为：检索获得脓毒症的外周血转录组数据，得到五个独立的数据集；对实验组和对照组进行比较分析，得到儿童脓毒症与未折叠蛋白反应通路的相关性；采用支持向量机递归特征消除算法和随机森林算法筛选对儿童脓毒症的实验组和对照组的两个数据集中的关键基因，对筛选出的基因交集进行多因素逻辑回归分析，构建诊断模型；对诊断模型进行外部验证，通过绘制受试者工作特征曲线对验证结果进行展示；本发明为临床医生进行脓毒症的诊断和精准治疗提供了新的辅助工具。
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公开(公告)号：CN118571305A
公开(公告)日：2024-08-30
申请号：CN202410623620.4
申请日：2024-05-20
申请人： 复旦大学附属中山医院
IPC分类号： G16B15/00 , G16B45/00 , G16B5/30 , G06T17/30 , G06T17/10 , G06T7/10 , G06T3/4038 , G01N21/64 , G16B5/20
摘要： 本发明提出一种肿瘤细胞曲面模型的构建方法，可以更准确地描述细胞的形态和结构，包括细胞膜、细胞器等的空间位置关系，提供了对细胞表面形状和拓扑结构的更准确建模，明显提高了基于蒙特卡罗的细胞剂量模拟计算的准确性。细胞曲面模型可以模拟细胞的运动、变形和迁移等动态过程，对研究细胞的生理和生物力学特性有一定的帮助，同时细胞曲面模型对细胞的表面积和体积的表达更精确，有助于研究细胞的物质交换和信号传导过程，模拟不同剂量条件下细胞和组织的生物效应，如辐射损伤、细胞死亡等。
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公开(公告)号：CN118280456B
公开(公告)日：2024-08-20
申请号：CN202410702738.6
申请日：2024-06-03
申请人： 江西师范大学
摘要： 本发明属于生物信息学和软件工程领域，公开了一种线粒体DNA数据规范化方法及集成应用平台，该方法从线粒体基因组公共数据库中获取不同类型物种的线粒体基因组文件；嵌套遍历线粒体基因组文件，获取线粒体基因组文件中各个物种的注释信息和基因序列，线粒体基因组文件中包含多个物种的基因信息，每条基因信息中又包含多条注释信息；分析每一个序列坐标对应的基因类型，根据基因类型指定替换方案；比较每个基因的相邻基因和序列坐标；进行反向互补和切片调零，对参考序列版本和原始客户提交的注释版本进行比较，并列举差异；进行注释核验，输出规范化的基因顺序及基因顺序图。本发明可根据用户提供的生物基因文件进行数据规范化。
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公开(公告)号：CN118506880A
公开(公告)日：2024-08-16
申请号：CN202410683582.1
申请日：2024-05-30
申请人： 佳木斯大学
IPC分类号： G16B40/00 , G16B40/30 , G16B15/30 , G16B20/00 , G16B25/10 , G16B45/00 , G16B50/00 , G16B50/10 , G06F18/231 , C12Q1/6886 , C12Q1/6851 , G01N33/574 , G01N33/68
摘要： 本发明涉及基于EDN1信号轴促进胰腺癌发生机制的实验方法，包括步骤：找出胰腺癌和正常组织中基因表达存在差异的基因；筛选差异显著的基因集，对这些基因进行功能富集和通路分析，深入筛选参与胰腺癌发生发展的基因：预测EDN1调控的下游mRNA，构建EDN1参与的胰腺癌抑制作用轴，利用MIRDB和DIANA数据库对EDN1可影响的mRNA进行预测，将以上数据库得到的结果中存在交集的RNA构建候选基因，通过WGCNA算法确认预测的mRNA是否与EDN1在胰腺癌中作用机制相符；再通过相关实验进行进一步的验证。本发明不仅有助于了解EDN1和相关基因在胰腺癌组织中的表达情况和作用，而且旨在为胰腺癌患者的早期诊断，靶向治疗以及预后分析提供理论基础。
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公开(公告)号：CN118506878A
公开(公告)日：2024-08-16
申请号：CN202410606825.1
申请日：2024-05-16
申请人： 上海交通大学医学院附属瑞金医院
摘要： 本发明公开了一种模式生物组学数据的下游知识解读引擎系统，该系统包括，模式生物组学数据知识库；第一解读主引擎，基于模式生物本体知识解读主引擎，依托模式生物的生物本体知识，该第一解读主引擎接入所述模式生物组学数据知识库；第二解读主引擎，基于模式生物分子网络知识解读主引擎，依托模式生物分子网络知识，该第二解读主引擎接入所述模式生物组学数据知识库；以及人机交互模块，接收检索词，并将检索词输入至第一解读主引擎或第二解读主引擎，接收并展示各解读主引擎的解读结果。所述模式生物组学数据知识库由模式生物的本体知识子库、模式生物的生物分子网络知识子库、模式生物的多模态功能组学知识子库组成。
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公开(公告)号：CN117219278B
公开(公告)日：2024-08-16
申请号：CN202311202678.3
申请日：2023-09-18
申请人： 福建省立医院
摘要： 本发明提供一种精神分裂症攻击性行为风险评估模型及其应用，其使用基因组学、转录组学和蛋白质组学在内的多组学方法来分析精神分裂症患者攻击组和非攻击组的血液样本，确定了一系列的精神分裂症攻击性行为的潜在生物标志物：hsa_circ_0072748、PVR、Maprotiline、OMEPRAZOLE、Docosahexaenoyl PAF C‑16等，并针对这些潜在的生物标记物中的至少一种生物标记物联合童年创伤量表，一起建立Nomogram预测模型，为临床工作带来客观可靠的精神分裂症攻击性行为的辅助诊断工具。
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公开(公告)号：CN118398089A
公开(公告)日：2024-07-26
申请号：CN202410023244.5
申请日：2024-01-05
申请人： 清华大学
摘要： 本申请涉及生物信息学技术领域，特别涉及一种细胞状态迁移过程中的驱动因子识别方法、装置及设备，其中，方法包括：根据单细胞多组学数据推断基因的调控网络；恢复并增强调控网络中转录因子与基因的调控关系得到增强网络矩阵，根据增强网络矩阵和细胞状态的真实迁移向量确定转录因子的变化向量；根据调控网络和变化向量确定细胞状态的推断迁移向量，根据真实迁移向量和推断迁移向量识别转录因子中的驱动因子。由此，解决了相关技术中使用细胞群体测序数据而引入组织异质性，导致转录因子的识别效果较差等问题。
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公开(公告)号：CN118351981A
公开(公告)日：2024-07-16
申请号：CN202410279183.9
申请日：2024-03-12
申请人： 安徽元构生物科技有限公司
摘要： 本发明提供一种核酸序列预测方法、装置、电子设备和存储介质，方法包括：获取主链结构；以主链结构中的各核苷酸残基为节点，以各核苷酸残基之间的连接关系作为边，构建主链结构图，并提取主链结构图的结构特征；基于结构特征，预测主链结构对应的核酸序列。本发明提供的方法，通过以各核苷酸残基为节点，以各核苷酸残基之间的连接关系作为边，构建主链结构图，提取主链结构图的结构特征，基于结构特征，预测主链结构对应的核酸序列，实现对精准三级结构RNA的序列预测，使得预测得到的RNA序列的空间稳定性得到保证，进而提升了预测得到的RNA序列的可靠性。同时无需依靠已有的经验或RNA模板，提升RNA序列预测的普适性和广泛应用性。
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公开(公告)号：CN117594130B
公开(公告)日：2024-07-16
申请号：CN202410077991.7
申请日：2024-01-19
申请人： 北京普译生物科技有限公司
摘要： 本公开涉及核酸测序领域，尤其涉及一种纳米孔测序信号评价方法、装置、电子设备和存储介质，获取通过纳米孔测序方式对核酸序列进行检测得到的原始测序信号。分割原始测序信号得到纳米孔在没有与核酸分子结合时采集的空白电流信号作为第一信号、核酸分子与纳米孔结合后未开始过孔时的电流信号作为第二信号和核酸序列开始连续过孔时的电流信号作为第三信号，对第一信号和第二信号统计分析得到第一评价指标、第二评价指标和第三评价指标，对第三信号统计分析得到第四评价指标和第五评价指标。在根据至少一种评价指标评价原始测序信号。本公开可以能够通过信号分割和统计计算获得多种评价指标，对纳米孔测序方式的测序过程以及测序结果进行评价。
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