本发明公开一种基于按需加权聚类分簇的飞行器集群通信方法及系统，涉及飞行器通信领域。本发明依据飞行器节点的特征信息计算构成簇首选举依据的多个分簇指标，对多个分簇指标按需加权计算综合度量函数值并进行簇间通信判断，将同时具备高优先级且满足通信要求的待选簇首节点推选为簇首节点；通过手肘法确定最优分簇数量；根据最优分簇数量和簇首节点集合建立飞行器集群分层通信网络的簇结构，各个飞行器节点依据簇结构进行通信。本发明通过引入根据实际任务调整分簇依据的按需加权的综合度量函数，并根据飞行器节点特征信息选择最优分簇数量，能够增强飞行器集群通信网络簇结构划分的弹性和自适应性，提高飞行器集群的通信效率和系统稳定性。