本发明提出了一种采用换流器内部PWM信号的微电网电源保护方法及装置，方法，基于一种微电网系统，所述微电网系统包括新能源电源、负荷和换流器；所述方法包括以下步骤：获取换流器输出的电流；判断电流是否达到限幅的电流最大值时，若是则基于换流器内部PWM信号进行PWM信号采样，得到换流器输出电压有效值；若换流器输出电压有效值小于启动电压，则以换流器输出电压有效值为判据判断故障发生位置，启动低电压保护。该方法适应性强，定值整定简单，鲁棒性好，针对波动性新能源发电及并网离网切换具有良好的适应性。