本发明公开了一种非常规蛋白饲料的制备方法及应用。饲料底物由黄酒糟、麸皮和添加剂混合拌匀后，经热带假丝酵母、绿色木霉和米曲霉混菌固态发酵后，烘干粉碎制成高蛋白饲料。本发明选择的热带假丝酵母、绿色木霉和米曲霉相互之间协同作用好，进行混菌固态发酵黄酒糟，将黄酒糟中不易被动物消化吸收的淀粉和纤维素转化为易消化吸收且营养价值高的菌体蛋白，同时在固态培养基中引入甜菜碱，进一步提高发酵产物中真蛋白质的含量。本发明提高了非常规蛋白原料的营养价值，提升了饲料蛋白利用率，进而改善动物健康和生产性能，也为开发利用非常规蛋白饲料资源提供良好的借鉴。