本发明涉及根瘤菌相关技术领域，公开了一种根瘤菌及其应用，所述根瘤菌是由云南省内土壤种植的楚雄南苜蓿根瘤中分离筛选获得，是一种高效固氮、耐盐碱能力强、耐酸铝能力强的根瘤菌；本发明还包括一种根瘤菌的应用，包括：所述根瘤菌在改良具有一定酸、铝种植土地中的应用；本发明的根瘤菌可以显著提高南苜蓿植株高度，有效促进南苜蓿生长，有效提高楚雄南苜蓿的结瘤数，从而大大提高南苜蓿的产量；本发明的根瘤菌具有优良的耐酸、耐铝特性，从而在应对种植地土壤具有酸、铝土地性质时，依旧可以达到稳定增产的效果。