本发明涉及菌体检测技术，特别涉及一种菌体检测方法及菌体检测系统。通过将检测样品加入具有微孔滤膜的容器中；检测样品中包含有目标菌体；然后，向容器加入含有噬菌体的培养基，并基于第一温育条件对容器中的菌体进行培养，以使噬菌体对目标菌体浸染；利用真空抽滤装置去除容器中的培养基和未浸染菌体的噬菌体；依次对容器中的物质进行灭活未浸染菌体的噬菌体和侵染指示菌；对容器中的物质进行光学检测。如此，不仅能够提高检测效率，还能够避免现有离心方式造成菌体损失的问题，从而提高了检测灵敏度。