本申请涉及药物技术领域，尤其涉及一种用于水产养殖的聚六甲基胍类复方杀菌剂及其制备方法与应用。一种用于水产养殖的聚六甲基胍类复方杀菌剂，包括按照质量份数的以下成分：聚双胍类杀菌剂8‑15份、聚单胍类杀菌剂8‑15份、硝酸银0.017份、去离子水70‑84份，所述聚双胍类杀菌剂和聚单胍类杀菌剂的质量份数比为1:1。本申请的聚六甲基胍类复方杀菌剂具有成本低、杀菌效率高、杀菌时间长等优点，同时制备方法简单、操作便捷，适用于大规模生产，使用方法简单，应用领域广泛，能够提高水产养殖的健康水平，促进水产业的可持续发展。