本发明提供了一种水下传感器数据采集方法、介质及系统，属于水下传感器技术领域，包括：获取多个水下传感器的坐标和实时采集的数据并预处理得到预处理数据；采用随机矩阵对所述预处理数据进行处理，得到高阶矩阵；采用一个滑动窗口对所述高阶矩阵进行特征提取，得到特征矩阵；对每个水下传感器的特征矩阵进行聚类，得到多个聚类中心，所述聚类中心的数量小于所述水下传感器的数量；计算待减少传感器以及新增水下传感器坐标组并发送给运维人员；重新采集数据。解决了当前针对水下传感器数据采集过程中，传感器部署依靠人工经验，存在传感器部署较密集导致采集范围小，或过少导致采集的精度不够的技术问题。