本申请公开了一种筛选MSI特征位点的方法、装置和存储介质。本申请方法包括，获取MSS样本集和MSI样本集；筛选获得重复单元重复次数≥7，且用于PCR检测MSI状态时用的位点；统计重复单元重复次数小于特定重复数n的模板簇占对应位点有效模板簇总数的比例作为重复数特征；将MSI样本的所有重复数特征除以肿瘤含量估计值，作为矫正后的重复数特征，并将矫正后大于1的重复数特征重置为1；最后，通过数据清洗步骤和MSI特征位点集合筛选步骤获得筛选的MSI特征位点。本申请方法获得的MSI特征位点能用于检测血浆样本微卫星状态，只需通过血浆对部分MSI位点进行检测即可，检测成本低、特异性强、敏感性高。