本发明公开了一种用于岩层成桩施工的成桩质量控制方法及系统，所述方法包括获取岩石层表面的第一硬度系数，匹配钻机及工作参数；获取第一桩孔的深度，当所述第一桩孔的深度满足第一预设值时，获取孔底岩石碎的第二硬度系数以更新钻机及工作参数；根据第一桩孔的深度计算第一桩孔的垂直度，判断该垂直度是否满足第二预设值；如不满足，则对第一桩孔的孔底进行一次清洗和片石填平操作；利用更新后的钻机和工作参数通过调整钻孔入孔方向以使第一桩孔向下钻得的第二桩孔的垂直度满足第二预设值，最后当成孔达到预设深度时进行灌注桩施工以得到成桩。本发明通过监测垂直度，分段进行成孔施工，最终提高了岩层成桩质量。