本申请提供了一种架空配电线路短路故障处理方法及保护系统，架空配电线路短路故障处理方法包括：分别通过电压互感器和电流互感器获取每个量测点处三相电压实时值以及三相电流实时值；根据三相电压实时值和三相电流实时值分别计算出电压有效值和电流有效值，并实时比较量测点的电压有效值和电压整定值，以及实时比较电流有效值与电流整定值，并根据比较结果确定是否发生故障；确定故障是永久性故障还是瞬时性故障。通过本申请的技术方案，检查到故障之后，短时间内两次让断路器合闸，从而确定是瞬时故障还是永久性故障，以此在不同故障类别下进行相应动作，提高配电线路的供电可靠性。