本发明提供了一种生物酶快速处理烟叶的设备和方法，包括左侧箱体、中继箱体和右侧箱体；所述左侧箱体和右侧箱体分别拼接在中继箱体的两侧并与中继箱体的拼接处密封；所述左侧箱体和右侧箱体中设置有若干空间独立的腔室，若干腔室被划分为若干个发酵腔室、至少一个灭活腔室和至少一个出货腔室；各个腔室靠近中继箱体的一侧设置有用于连通或隔绝中继箱体内部的活动密封门，所述左侧箱体、中继箱体和右侧箱体合围形成的内部密封腔室为无菌腔室；所述中继箱体中安装有多关节机械手，用于实现不同腔室中的置物架的转移。该生物酶快速处理烟叶的设备和方法具有集成度高、可执行高频次少克重重复性生物酶处理工艺、提升实验效率的优点。