本发明公开了一种恶臭假单胞菌ND6接合转移质粒pND6‑2缺失突变的突变株ND6dp2及其构建方法，通过质粒不相容性构建了恶臭假单胞菌ND6接合转移质粒pND6‑2缺失突变的突变株ND6dp2。本发明所构建的突变株保持了质粒pND6‑1，具有与恶臭假单胞菌ND6相同的萘降解途径，且相关萘降解基因表达上调，因此利用其进行萘降解时，可提高菌株萘降解能力，为进一步研究萘降解基因强化提供基础；而且由于ND6dp2菌株缺失接合转移相关基因，不具备接合转移能力，不会造成环境中萘降解基因污染，避免导致生态环境失衡的风险隐患。