本发明公开了一种快速鉴别扇贝亲本性别和性腺成熟度的方法，属于水产养殖技术领域。本发明利用内窥镜装置对扇贝的性腺进行观察，以判断扇贝亲本的性别以及雌性亲本的性腺成熟度。本发明首次利用内窥镜技术对扇贝性腺进行了观察和性别鉴定，为亲本促熟工作的管理和调控提供了高效手段。内窥镜可在扇贝闭壳状态下，不触及软体部位，清晰地显示性腺颜色和性别，处理后的个体存活率显著高于外物刺激及阴干方法，并可对扇贝性腺成熟度进行分析；且能对海水中的扇贝性腺进行拍摄和成像，实现扇贝性腺发育状态的水中原位观察。本发明提供了一种快速、精准和安全的用于鉴定扇贝亲本性别和性腺成熟度的方法，有助于高质量苗种繁育工作的进行。