本发明公开了一种甲醇合成反应器，所述甲醇合成反应器包括壳体、第一反应组件、第二反应组件和连通件，壳体具有相互独立的第一腔和第二腔，第一反应组件设在第一腔内，第二反应组件设在第二腔内，第一反应组件和第二反应组件至少一者包括催化剂、进气管和换热管，催化剂设在腔内，催化剂用于催化合成气成成甲醇，进气管设在腔内且位于催化剂的下方，进气管适于通入合成气，换热管设在进气管上且与进气管连通，换热管位于催化剂内，以便进气管内的合成气流入换热管内以使催化剂通过换热管加热合成气，连通件的两端分别与第一腔和第二腔连通。本发明的甲醇合成反应器具有运行稳定、成本低廉、合成效率高等优点。