本发明公开了一种含有贻贝粘蛋白的抗菌组合物及其制备方法，属于医药化合物制备领域。所述抗菌组合物的制备方法包括：改性酸响应载体与化学中间体按照质量比1：1混合后加入缩合剂反应后，再加入与化学中间体等质量的贻贝粘蛋白混合反应得到所述抗菌组合物。本发明通过构建具有高效包裹的改性酸响应载体，将具有抗菌活性的大黄酸与贻贝粘蛋白通过合成的化学中间体连接包裹与改性酸响应载体，获得高抗菌效果的抗菌组合物，对开发新型结构的抗菌药物具有重要指导意义。