本发明公开了一种2‑丙硫基‑4,6‑二羟基嘧啶的生产工艺，向反应釜中加入甲醇钠甲醇溶液与甲醇，搅拌，分批加入硫脲，升温，滴加丙二酸二甲酯或者丙二酸二乙酯，滴加完成后保温；减压蒸馏去除溶剂，加入水，控制温度，滴加液碱，滴加完成后搅拌，滴加溴代正丙烷或者四丁基碘化铵以及氯代正丙烷，保温；滴加酸，离心，烘干后即得。采用连续投料工艺，丙二酸二甲酯和硫脲在甲醇钠甲醇溶液中反应得到中间态后，不进行后处理，直接进行缩合反应得到2‑丙硫基‑4,6‑二羟基嘧啶，纯度高，收率高，生产工艺可连续化、操作简单，可以避免有气味的物料在空气中暴露。同时，由于废水有一定的臭味，在温和条件下进行氧化操作进行除臭。