本发明提供一种酶催化制备磷酯酰丝氨酸的方法，所述方法包括以下步骤：在酶的催化下，L‑丝氨酸和卵磷脂反应生成磷酯酰丝氨酸；其中所述酶为磷脂酶D突变体和TMA裂解酶的组合；所述磷脂酶D突变体为发生了氨基酸突变的磷脂酶D，所述氨基酸突变为在SEQ ID NO.1所示的氨基酸序列基础上发生了包括L87E、G379Q或L461D中的任意一种或至少两种的组合的突变类型。本发明的方法相比较单酶法无论是产品的含量以及收率都有了大幅提高。