本发明公开了一种水下信标定位方法、设备及存储介质，涉及定位领域，目前，水下目标定位精度低。本发明包括以下步骤：通过主成分分析法提取特征信息，并把特征信息输入到模糊推理神经网络中进行训练，得到训练好的模糊推理神经网络模型；在水下导航中，用训练好的模糊推理神经网络模型辅助多波束与超短基线定位系统组合定位，预测超短基线定位系统的绝对误差，并监测误差的特征变化；对超短基线定位系统测量值进行补偿；将补偿后的超短基线定位系统测量值作为观测值，与多波束声纳采集到的相应信息通过卡尔曼滤波器进行组合定位，得到水下信标的定位。本技术方案通过多波束声纳与USBL的定位结果进行组合定位，提高水下定位精度。