本公开涉及掩膜对准系统和方法、以及光刻机。本公开的掩膜对准系统可包括：掩膜对准模块；以及处理器。该处理器可被配置成：从数个距离传感器接收数个距离；确定数个距离之间的差异是否小于或等于第一阈值；在确定数个距离之间的差异小于或等于第一阈值的情况下确定卡盘的安装面相对于掩膜板平行；在确定安装面相对于掩膜板平行的情况下，确定数个距离的平均值与预设对准距离之差是否小于或等于第二阈值；以及在确定平均值与预设对准距离之差小于或等于第二阈值的情况下，确定掩膜对准，或者在确定平均值与预设对准距离之差大于第二阈值的情况下，确定掩膜未对准。本公开的掩膜对准系统能够在满足精度要求的同时提升生产效率。