本发明为基于小误差自抗扰控制器的永磁同步电机控制系统及方法，所述控制系统包括跟踪微分器TD模块、小误差非线性反馈控制率Le_NLSEF模块、被控对象永磁同步电机、小误差非线性扩张状态观测器Le_NESO模块：其中小误差非线性反馈控制率Le_NLSEF模块和小误差非线性扩张状态观测器Le_NESO模块中的非线性函数Fal全部为重构后的非线性函数Le_fal(·)。本发明克服了现有自抗扰控制器中的非线性函数于定义域区间内不光滑的缺点，并弥补了传统Fal函数在原点处增益不为0的问题，以提高系统的抗干扰能力，并将ADRC控制器中的待整定参数减少了四个，降低了自抗扰控制器的参数整定难度。