本发明公开了一种手套箱内置场发射扫描电子显微镜的运行方法和系统，该运行方法包括：将指定的场发射扫描电子显微镜放置于特定的手套箱内，通过采取特定的降低静电干扰方式、特定的降低震动干扰方式、特定的降低热量干扰方式，进而实现在隔绝水氧的条件下，直接利用场发射扫描电子显微镜对易氧化二维材料进行转移、表征。本发明通过降低静电干扰、震动干扰、热量干扰，从而使得场发射扫描电子显微镜能够在手套箱内稳定运行，进而实现了场发射扫描电子显微镜在手套箱内对水氧敏感样品的直接观测，这十分有助于实现二维材料，尤其是易氧化二维材料在隔绝水氧的条件下的转移和表征。