一种适用于卫星导航多频差分定位的分组容错处理方法及系统，包括：采集信号频点的信号观测量，并对采集到的信号观测量分别进行定位解算，得到各频点解算结果构成的频点组合，并计算故障检测的检验统计量；结合预设的虚警概率构建故障检测门限计算式，并通过计算式求解故障检测门限；根据检验统计量和故障检测门限，对采集的频点组合进行初步故障检测，判断频点组合中是否存在故障频点；当频点组合中存在故障频点时，通过分组容错处理的方式对故障频点进行故障隔离和故障识别检测，得到最优解基线向量解。本发明可以对解算过程中发生的故障进行有效检测，还可以对载波相位的多故障进行可靠性检测，增强差分定位的可靠性和精度。