本发明属于海水入侵模拟技术领域，提供了一种非均质含水层海水入侵模拟方法与系统，首先根据所述含水层海水入侵概念模型，建立含水层海水入侵数学模型；然后，对含水层海水入侵数学模型进行求解，得到均质下的模型参数；最后，以均质下的模型参数为基础，建立非均质水文地质参数场，进行非均质含水层的刻画；具体的，对于不同的含水层，充分考虑水文地质参数的空间分布，以及是否存在特异值，选择不同的方法进行模拟以简单的方法，实现了对非均质含水层海水入侵模拟，并且充分考虑水文地质参数的空间分布，以及是否存在特异值，选择不同的方法进行模拟，能够高效、精确地对非均质含水层海水入侵演化规律进行模拟。