本申请提出一种辅助机组调频的电加热器功率控制系统及控制方法，其中辅助机组调频的电加热器功率控制系统包括变压器、配电母线、功率调节器、熔盐电加热器、发电机和高压厂用变，其中，所述发电机与所述高压厂用变相连，所述变压器的高压侧与所述高压厂用变相连，所述变压器的低压侧与所述配电母线的一侧相连，所述功率调节器与所述配电母线的另一侧相连；所述功率调节器与所述熔盐电加热器相连，所述功率调节器，用于对所述熔盐电加热器的功率进行控制，由此，本申请通过构建辅助机组调频的电加热器功率控制系统，降低了电加热器功率控制过程中的成本，并可以对电加热器功率进行准确地、平滑地控制，提高了对电加热器功率控制的控制精度。