本发明涉及工程造价技术领域，公开了一种城轨工程投资估算指标智能处理方法及系统，方法包括：S1、创建预设模板；S2、上传估算指标文件，将估算指标文件中的指标数据依次遍历插入到预设模板中的对应位置，构建估算指标表格；S3、通过改进聚类算法对样本数据集进行训练，构建指标对比模型；S4、将指标数据输入指标对比模型，筛选出异常数据并对异常数据进行标识处理；S5、输出经过处理的估算指标表格。采用改进的聚类算法对样本数据进行训练，提升了数据的聚合效果，进而提升了筛选异常数据的准确率，提高了各类造价指标估算的时效性和准确性。