本发明公开了一种绿色智能型打桩船作业管理系统及施工方法，包括能量管理系统和作业管理系统，所述能量管理系统用于根据打桩船当前的工况管理打桩船的能量分配，所述作业管理系统用于管理打桩船的作业分发。本发明根据各工序电力负荷情况，引入储能单元，平抑电网功率波动，减少主发电机组开启台数，使其运行在经济能耗区，实现打桩船智能高效能效管理；通过打桩船的作业辅助决策系统评估现场风、浪、流环境条件及船体运动对沉桩精度影响；打桩过程中，读取液压打桩锤锤击能量、锤击数，并用激光测距雷达测量得到每锤贯入度，实现沉桩数据表格自动生成，并通过评估连续多锤的总进尺量，调节锤击能量，实现自动打桩作业，减小作业人员劳动强度。