本发明涉及分子筛技术领域，提出了一种核壳结构分子筛催化剂及其制备方法和应用。一种核壳结构HMOR@AlPO4‑11复合分子筛催化剂，以HMOR分子筛为核，以AlPO4‑11分子筛为壳；制备方法包括：将模板剂R、硅源、铝源、碱源和水混合，晶化，得到MOR分子筛；将模板剂Q、铝源、磷源和水混合，老化，得到AlPO4‑11分子筛前驱体；将MOR分子筛经阳离子聚合物处理后与AlPO4‑11分子筛前驱体混合均匀，加入水和/或模板剂，晶化，焙烧，进行质子交换后，再次焙烧，得到HMOR@AlPO4‑11复合分子筛催化剂。通过上述技术方案，解决了现有技术中的分子筛催化剂选择性差、催化效率低的问题。