本发明公开了一种高比例分布式电源接入的配电网短路故障检测方法及系统，方法包括：分别对分布式电源的接入点电压以及输出电流，进行快速傅里叶分解，得到所述接入点电压和所述输出电流在各个谐波频率处的谐波幅值，并通过欧姆定律计算各个谐波频率处的虚拟阻抗值；选定存在虚拟阻抗的谐波频率，得到谐波频率集；在所述谐波频率集中筛选出最大虚拟阻抗值对应的目标谐波频率，通过对目标谐波频率在谐波频率集范围出现的偏移进行检测来对配电网短路故障进行识别。能够提高配电网短路故障检测精度。