本发明涉及多模态MR图像合成方法、系统、存储介质及设备，通过获取不同模态的MR图像，划分为相互不重叠的块，并对其中至少两个模态的图像进行随机对齐遮蔽，基于编码器提取每个模态图像中的对齐标记和相应的位置，基于解码器得到目标模态的图像，利用目标模态图像中的特征经一致性处理，并通过训练得到合成的真实模态的图像；训练期间，利用生成器得到与模态图像对应的边缘图，并与原始模态图像拼接，形成设定模态的特征表示。通过有限的配对数据合成缺失的模态，能够节省数据配对的时间并且降低MR设备的成本。