本申请涉及光学技术领域，尤其涉及电子光学调试方法、装置和系统，该方案可以应用于需要调试入射电子束和电子收集系统的设备，如单束和多束扫描电子显微镜。在该方法中，使用带有调试图案的样品进行电子光学调试。基于该样品，可以根据第一探测器拍摄的第一图像对入射电子束进行调试，并且在确定入射电子束后，根据第二探测器拍摄的第二图像对第二探测器中的电子收集系统调试，从而将入射电子束和电子收集系统的调试解耦，进而避免了电子光学调试过程中更换样品的步骤，提高了调试的效率和精度。