本发明公开了海岛棉枯萎病功能基因GbPP2C80的分子标记及其应用。本发明属于生物技术领域，具体涉及海岛棉枯萎病功能基因GbPP2C80的分子标记及其应用。本发明提供了InDel分子标记或检测所述InDel分子标记的物质的应用，其中InDel分子标记是一条链的核苷酸序列是序列1的第2至12位的双链DNA分子；其中应用可为下述任一种：1)在鉴定或辅助鉴定海岛棉枯萎病抗性中的应用；2)在海岛棉育种中的应用。在选育枯萎病抗性海岛棉材料时，可以选择分子标记InDel‑11的等位变异类型GbPP2C80‑BB(Del)的海岛棉品种，以提高海岛棉的枯萎病抗性性能。