本发明公开了一种智能列车自主运行控制专项测试系统和方法，包括：仿真模型，用于与待测设备进行通信生成列车仿真运行数据，并将列车仿真运行数据传输给数据处理显示模块，其中，待测设备包括列车自动保护设备ATP或者地面安全控制中心设备STC；数据处理显示模块，用于对列车仿真运行数据进行汇总，并根据汇总结果确定待测设备的运行状况。采用模块化组合方式实现仿真设备与真实设备的虚实互换，构建智能列车自主运行控制专项测试系统，在同一仿真测试平台下仅使用同一数据库实现对自动保护设备或者地面安全控制中心设备的专项训练，从而在资源复用的情况下，提高测试的精度和效率。