本发明属于发酵饲料技术领域，具体提供了一种替代鱼粉的蛋白饲料的制备方法，包括以下步骤：(1)黑水虻幼虫粉碎，向其中加入氮源、碳源、尿素、磷酸氢钙，混合均匀得混合原料；(2)制备酵母发酵液，向发酵液中加入复合酶制剂，搅拌均匀得混合发酵液；(3)将混合发酵液接种到混合原料中进固体发酵，发酵结束后烘干，得到替代鱼粉的蛋白饲料。本发明提供的这种方法通过酵母先液体发酵再与混合原料固态发酵，提高无机氮利用率，得到含大量代谢产物的酵母菌体蛋白，制备昆虫蛋白和菌体蛋白混合蛋白。此外，通过菌酶协同发酵，降低原料中抗营养因子。制备的蛋白饲料与鱼粉具有相似营养成分，蛋白消化率能够完全替代进口鱼粉，能够促进动物生长。