本发明提供一种预测SLE‑PAH风险的生物标志物的筛选方法及应用，属于微生物检测技术领域。预测SLE‑PAH疾病风险的生物标志物的筛选方法包括如下步骤：S1、确定28个肺动脉高压相关致病基因集合；S2、收集研究样本，以满足入组条件的SLE‑PAH疾病患者作为研究样本；S3、基因测序；S4、通过映射读取和变体调用来分析变异；S5、对变异位点进行筛选和注释；S6、分析获得致病基因上的罕见变异位点。本发明提供的预测SLE‑PAH风险的生物标志物的筛选方法及应用，对SLE‑PAH患者及早识别、及早干预，以及对未来探索新的药物治疗靶点提供新的思路和方向。