本发明提出了一种凡纳滨对虾的SNP位点组合在其家系混合养殖性状评估中的应用及探针和试剂盒，属于对虾育种的技术领域。本发明中凡纳滨对虾的SNP位点组合包括1125个SNP位点，物理位置是基于凡纳滨对虾参考基因组序列比对确定的。本发明还给出了一种用于捕获上述SNP位点组合的分子探针以及包括该分子探针的试剂盒。本发明利用SNP位点组合进行亲子鉴定，实现了早期不同家系间个体的混合养殖，有效地降低了早期由家系单独养殖所造成的共同环境效应，提高了混合养殖性状评估结果的准确性，并且可以准确地计算个体之间的亲缘关系，与物理标记相比，不会出现个体标记脱落、错位以及人为识别错误的现象，能够获得准确无误的系谱。