本发明公开了一种基于微波辐射计或GNSS数据的表面波导诊断方法及系统，本发明基于微波辐射计或GNSS数据的表面波导诊断方法包括下述步骤：S101，基于微波辐射计或者GNSS测量的数据获取折射率廓线；S102，获取折射率廓线的几何特征，包括从下往上的第一段轮廓的梯度c1、第一个拐点S1的高度h1、第二段轮廓的梯度c2以及第二个拐点S2的高度h2；S103，基于折射率廓线的几何特征进行表面波导诊断。本发明旨在基于微波辐射计或GNSS数据资料实现诊断表面波导，以更方便、快捷、大范围获取表面波导信息。