本发明公开了基于变模态分解算法的复杂充电下的电能计量方法及系统，涉及电能信号分析处理技术领域，包括用户充电时采集发出的电流电压信号并定义为原始信号，对原始信号进行模态分解，提取基波的所有特征；参照基波特征，将基波从原始信号中剔除进而得到谐波，对谐波进行分离分析获得各次谐波的特征参数；根据基波特征和谐波的特征参数计算出相应的电能数据并进行计量。本发明提供的方法解决了信号分解存在的模态混叠问题，相较于经验模态分解(EMD)在模态分解过程中可能存在的数据间断点会引发模态混叠现象，导致信号有用信息丢失的问题，抑制了经验模态分解存在的模态混叠现象，在频域通过不断迭代求解，实现了信号的自适应分解。